Mazinger Z e' stato sconfitto dalle forze di Mikene, ma il Grande Mazinger ha preso il suo posto per proteggere la pace del mondo! I nemici questa volta sono pero' ben diversi dal pazzo megalomane dottor Hell: perfidi e spietati, non sembrano avere nessuna remora neppure a uccidere o a rapire dei bambini. La vittima della prima operazione dello spionaggio di Mikene, guidato da Argos e dal fedele Duca Gorgon, e' proprio Shiro Kabuto, che finisce involontariamente per rivelare al nemico la posizione della segretissima Fortezza delle Scienze...
L'incredibile potenza del Grande Mazinger ha attirato sul robot l'attenzione non solo dei sette eserciti di Mikene, ma anche dell'industria bellica. Poco ci vuole perche' un cantiere giapponese metta in produzione una versione in serie del gigante d'acciaio; ma le vere grande cominciano quando, come spesso capita nel mondo degli affari, il produttore si lasci tentare da un facoltoso cliente: nientemeno che il Duca Gorgon, alla guida delle forze di Mikene!
I tentativi di Tetsuya e del professor Kabuto di opporsi allo scellerato piano di vendere decine di robot a Mikene non hanno successo e l'armata di Mazinger assale la Fortezza delle Scienze, proprio quando Tetsuya e' impegnato in ben altre cose...
I nemici della pace non sembrano nascondersi solo nel sottosuolo; anche dallo spazio arriva una nuova minaccia per la Terra, contro la quale neppure il Grande Mazinger sembra essere in grado di fare nulla. Per fortuna giunge in suo aiuto il Getter Robot, ma tra il Getter Team e i ragazzi della Fortezza delle Scienze non sembra proprio scorrere buon sangue... In una situazione come questa riuscire a organizzare una strategia comune d'attacco e' quasi impossibile: solo l'eroismo e lo spirito di sacrificio di Tetsuya riusciranno a salvare la Terra da una distruzione certa...
Nel frattempo anche il Generale Nero non sembra proprio passarsela bene: l'Imperatore delle Tenebre, senza riferirgli nulla, ha ordinato a una sua nuova sottoposta, la Marchesa Yanus, di costruire una base avanzata d'attacco, la spaventosa isola vulcanica. Frustrato dalla decisione del proprio signore e impressionato dalla prorompente avanzata della Marchesa Yanus, il Generale Nero decide di giocare l'ultima carta per dimostrare il suo valore: sfidare il Grande Mazinger in un duello all'ultimo sangue!!
Il Gran Maresciallo Inferno, il nuovo comandante prescelto dall'Imperatore delle Tenebre, mostra non solo una spietatezza fuori dal comune anche per gli efferati generali di Mikene, ma anche una sottile conoscenza della psicologia umana, dovuta forse alla lunga esperienza di battaglia dell'individuo il cui corpo e' stato utilizzato per crearlo. Il suo primo piano mette letteralmente in ginocchio la Fortezza delle Scienze, costringendo Tetsuya & C. a rifugiarsi in un'isola disabitata del sud del Giappone in attesa dell'occasione giusta per contrattaccare. In un simile momento di pericolo l'unica speranza di salvezza puo' risiedere solo nell'arrivo di un alleato insperato, magari disposto a ricambiare il piacere fatto tempo prima...!!