| PRIMA STAGIONE:
 Episodio 01 - Il Duello
Il Maestro Jedi Yoda si reca sulla luna di Toydaria per convincere il re Katuunko ad unirsi alla Repubblica Galattica, ma viene attaccato a sorpresa dalla flotta separatista dell'apprendista del Conte Dooku, Asajj Ventress, che atterra sul pianeta per corrompere Katuunko. Yoda e tre cloni riescono ad atterrare sulla piccola luna con un guscio di salvataggio, ma sono costretti a scontrarsi con l'esercito dei Separatisti. Sul campo di battaglia l'esercito della Repubblica si dimostra superiore ai droidi, e, non senza difficoltà, riesce a giungere al rendez-vous fissato con il re toydoriano, mentre la sicaria Sith sta per ucciderlo...
Episodio 02 - Missione di Salvataggio
Il Maestro Jedi Plo Koon è stato inviato dal Consiglio per indagare sulla nuova arma dei separatisti, che negli ultimi tempi avevano attaccato diverse flotte e convogli repubblicani senza lasciare superstiti. Dopo essersi recato nel sistema di Abregado e aver scoperto che la misteriosa arma, la Malevolence, è una gigantesca nave dotata di un cannone a ioni, capace di mandare in tilt tutti i sistemi dell'incociatore colpito, Koon ritiene necessario comunicare le scoperte al Consiglio. La sua flotta viene distrutta come le altre, ma lui con tre cloni riesce a mettersi in salvo con un guscio di salvataggio e a opporre resistenza ai droidi inviati per finire il lavoro fino all'arrivo di Anakin Skywalker e della sua Padawan Ahsoka Tano a bordo della Twilight, andati a salvarlo disubbidendo all'ordine del Cancelliere Palpatine...
Episodio 03 - L'Ombra della Malevolence
Dopo essere stato soccorso da Anakin e Ahsoka, il Generale Plo Koon parte con loro per distruggere la Malevolence, insieme alla squadriglia Shadow. Con dodici bombardieri BTL Y-Wing Starfighter e il caccia Jedi di Koon, la piccola divisione si dirige verso la stazione prendendo una scorciatoia che prevede di passare attraverso la nebulosa di Balmorra, abitata da forme di vita che danno molte difficoltà ai cloni. Nonostante questo, la squadra arriva nel sistema di Antar, con l'obiettivo di far esplodere il ponte ed eliminare il Generale Grievous, appena in tempo per impedire che la Malevolence faccia uso del suo cannone a ioni sulla base...
Episodio 04 - Attacco alla Malevolence
Mentre Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker sono impegnati a distruggere quello che resta della Malevolence, la senatrice Amidala del Consiglio Galattico è in missione diplomatica con il droide protocollare C3PO, e viene catturata dall'incrociatore del Generale Grievous appena uscita dall'iperspazio, fornendogli così un ostaggio. I due Jedi accompagnati dal droide R2 sono costretti a sospendere il fuoco e ad entrare di nascosto nella nave avversaria per liberare Padmè. Mentre quest'ultima innesca accidentalmente il processo di autodistruzione della nave combattendo contro il Generale Grevious, Skywalker e Kenobi sono arrivati all'interno e vengono attaccati da droidi da battaglia che li costringono a separarsi. Mentre Anakin ed R2 salvano Padmè, Obi-Wan è costretto a fronteggiare Grievous...
Episodio 05 - Reclute
Sulla luna di Rishi, nel sistema di Kamino, si trova un avamposto della Repubblica guidato da dei cloni freschi di nomina, che viene attaccato da una squadra di droidi Commando mandati in avanscoperta dalla flotta del Generale Grievous. Questi droidi riescono a conquistare la base facendo però credere che sia ancora sotto il possesso della repubblica. Intanto i cloni Rex e Cody vengono messi in allerta dai superstiti e cadono nell'imboscata tesa loro dai droidi separatisti; dopo essere riusciti a nascondersi sotto la piattaforma, facendo credere ai droidi di essere morti, incontrano tre altri cloni sopravvissuti: Echo, Fives ed Hevy, e insieme decidono di far esplodere la base e far accorrere così in loro soccorso la flotta repubblicana...
Episodio 06 - La Caduta di un Droide
Il Generale Grievous sta per attaccare la flotta di Anakin, ma il Generale Jedi gli tende una trappola con i caccia per spazzare via le navi avversarie. Nonostante il piano vada a buon fine e la flotta nemica viene distrutta, Anakin, nel tentativo di inseguire il Generale Grievous in fuga, perde il suo caccia e con esso il droide R2 D2. Il maestro Kenobi, venuto a conoscenza del fatto che R2 aveva nella sua memoria la dislocazione delle truppe repubblicane, ordina ad Anakin di andare immediatamente a cercarlo, affidandogli un droide sostitutivo, R3 S6, per arrivare poi nella nave Vulture's Claw, di proprietà del contrabbandiere Gha Nachkt, che mente affermando di non aver mai visto un'unità R2. Infatti, poco dopo la partenza di Anakin e Ahsoka, il bandito prende accordi con il Generale Grievous per vendergli il droide...
Episodio 07 - La Stazione Spia
Il rigattiere Gha Nachkt trasporta il suo prezioso carico da rivendere a Grievous, R2-D2. Arrivato al cospetto del cyborg, Gha inizia a smontare il droide, nel tentativo di trovare le informazioni sulle basi repubblicane. Nel frattempo, Anakin, Ahsoka e un gruppo di cloni giungono alla nave separatista della Federazione dei Mercanti, camuffata da stazione di comunicazioni, nel tentativo di salvare il droide. Insieme a loro, c'è anche il droide R3-S6, che sembra però rallentare la missione, con i suoi continui errori; R3 si rivela infatti essere una spia separatista al servizio di Grievous. Il gruppo riesce quindi a salvare R2, che si prende la sua rivincita su R3, facendolo definitivamente a pezzi...
Episodio 08 - Jar Jar Jedi
La senatrice Padmé Amidala, insieme al suo droide C-3PO e al gungan Jar Jar Binks, è in missione diplomatica sul pianeta Rodia per convincere il senatore Onaconda Farr, amico di lunga data, a passare dalla parte della Repubblica. Giunta sul pianeta Padmé scopre però di essere caduta in trappola: Onaconda aveva già stretto un accordo con il viceré Nute Gunray, in cambio di viveri e rifornimenti per il popolo rodiano. Padmé viene catturata dai droidi separatisti e condotta in cella, per essere giustiziata. Jar Jar Binks, nel frattempo, vedendo l'accaduto, si precipita a soccorrere la senatrice, facendosi passare per un Jedi...
Episodio 09 - Il Velo dell'Oscurità
A bordo della Tranquility, Luminara Unduli e Ahsoka Tano, in compagnia del comandante Gree, trasportano Nute Gunray verso Coruscant, dove dovrà affrontare un processo per crimini di guerra. Nel frattempo, il conte Dooku invia l'apprendista Asajj Ventress a salvare il viceré. Infiltratasi nella nave, la Sith si scontra con Luminara e Ahsoka, mentre il capitano Argyus sta di guardia alla cella di Gunray. Argyus, un traditore che aveva ricevuto l'incarico di salvare il viceré, viene ucciso da Asajj, fuggendo insieme a Gunray su una delle navicelle rubate alla Repubblica...
Episodio 10 - Il Covo di Grevious
Kit Fisto, sulle tracce del fuggitivo Nute Gunray insieme al cavaliere Jedi Nahdar Webb e ad un gruppo di cloni, localizza la nave rubata nel sistema Vassek. Una volta arrivato, il gruppo scopre di essere stato ingannato: il pianeta è in realtà sede del rifugio di Grievous che, messo alla prova dal conte Dooku, deve dimostrare di saper sconfiggere i Jedi. Giunto nel rifugio, Grievous viene colto alla sprovvista e quasi catturato. Dopo la morte dei cloni, a causa delle trappole disseminate nel covo, l'irruente Nahdar vuole a tutti i costi sconfiggere il cyborg, ma ne esce sconfitto, lasciando solo Fisto, al quale non resta altro che darsi alla fuga...
Episodio 11 - La Cattura del Conte Dooku
Dopo una lunga ricerca, i maestri Jedi riescono a rintracciare il Conte Dooku. Anakin e Obi-Wan Kenobi partono nel tentativo di catturare una volta per tutte il malvagio, che nel frattempo si è visto costretto ad atterrare su un pianeta del sistema di Vanqor. Mentre cercano Dooku nelle caverne, quest'ultimo provoca un crollo e riesce a fuggire rubando la spada laser di Anakin, che si trova indifeso contro i Gundark. Dooku incontra poi alcuni pirati, capitanati da Hondo Ohnaka, che inizialmente si offrono di aiutarlo, portandolo su Florrum, per poi imprigionarlo e venderlo alla Repubblica per un milione di crediti...
Episodio 12 - Il Riscatto
Obi-Wan e Anakin, in missione su Florrum, vengono rinchiusi e legati insieme al Conte Dooku, dopo essere stati storditi dalla forte bevanda dei pirati. Nel frattempo, la Repubblica invia il senatore Kharrus e Jar Jar Binks con il riscatto per Dooku, ignari della prigionia degli Jedi. Turk Falso, braccio destro di Hondo Ohnaka e incaricato di scortare la delegazione Repubblicana, costringe invece la navetta ad atterrare sul pianeta per ottenere il riscatto e fuggire prima che il capo dei pirati se ne accorga. I due Jedi approfittano dell'assenza di corrente causata da Jar Jar per recuperare le spade laser e usare Hondo come scudo per uscire dalla base, mentre Dooku fugge su una navicella, uccidendo Turk...
Episodio 13 - Atterraggio di Fortuna
Su Quell la flotta della Repubblica ingaggia uno scontro in inferiorità numerica con la flotta Separatista. Aayla Secura è in grande difficoltà e quindi Anakin ed Ahsoka vengono inviati a soccorrerla. Durante l'evacuazione della nave della Maestra Jedi, Anakin viene ferito da un'esplosione e la navicella si schianta su un pianeta all'apparenza desertico. Anakin viene lasciato incosciente, insieme al capitano dei Cloni, mentre Aayla, Ahsoka, Bly ed altri soldati vanno in ricerca di forme di vita; incontrano così una popolazione di Lurmen fuggiti da Mygeeto per evitare la guerra...
Episodio 14 - I Difensori della Pace
Anakin riprende le forze, mentre su Maridun atterra una delegazione separatista che perquisisce il villaggio dei Lurmen in cerca di segni repubblicani. Una sonda spia trova gli Jedi, che vengono costretti ad inseguirla per distruggerla per non essere identificati: la loro presenza scatenerebbe infatti un attacco ai danni dei pacifici Lurmen. Nell'inseguimento, la piccola squadra repubblicana scopre un avamposto in cui viene collaudata una nuova arma in grado di carbonizzare ogni forma di vita, il Decespugliatore; decidono così di infiltrarsi nella base dove si terrà un nuovo test...
Episodio 15 - Guerra e Pace
Anakin Skywalker e Obi-Wan Kenobi vengono mandati a perlustrare la zona di Orto Plutonia. Nella perlustrazione trovano un popolo delle nevi solitario chiamato Tals, e scoprono che questi ultimi hanno attaccato molte squadre di cloni perché ingiustamente provocati. Obi-Wan offre loro la pace, organizzando un incontro con il Presidente della luna di Pantora, il quale però intende attaccare i Tals, rifiutando di lasciare il pianeta e dichiarando loro guerra...
Episodio 16 - Un Nemico Invisibile
Questo episodio retrospettivo è ambientato prima di Star Wars: The Clone Wars - Il film. Nel tentativo di mantenere il controllo del pianeta Christophsis, Obi-Wan ed Anakin tentano un'imboscata ma vengono attaccati dai un battaglione di droidi e capiscono di avere un traditore nelle proprie fila. Cercando delle risposte cadono nella trappola di Ventress, ma riescono a fuggire. Nel mentre gli ufficiali superiori Rex e Cody trovano il traditore, il sergente Slick, e riescono a fermarlo, ma non prima che abbia disabilitato le difese e distrutto i cannoni per l'arrivo dei droidi...
Episodio 17 - Il Virus Blue Shadow
Sul pianeta Naboo viene catturato un droide solitario; tramite un inganno le forze di difesa vengono così a sapere della presenza di un laboratorio nascosto su Naboo. La senatrice Amidala insieme a Jar Jar si reca allora ad esplorare il presunto sito del laboratorio, ma viene catturata dai droidi, scoprendo che vi si trova uno scienziato che ha modificato un virus mortale affinchè si diffonda per via aerea, con l'intenzione di contaminare l'intera Galassia. Informati della sparizione della senatrice, Anakin, Obi-Wan e Ahsoka pianificano un attacco contro il laboratorio, tuttavia lo scienziato riesce ad armare le bombe contenenti il virus...
Episodio 18 - Il Mistero delle Mille Lune
Nonostante gli sforzi per debellare il virus Blue Shadow, parte del laboratorio di ricerca è stato contaminato e, se i droidi rimasti all'interno dovessero aprirsi un varco ed uscire, il virus si diffonderebbe su Naboo. Ahsoka, Padme, Jar Jar e alcuni cloni sono ancora all'interno, infettati. Per trovare un antidoto, Anakin e Obi Wan viaggiano fino al pianeta Yego, nello spazio della galassia che appartiene ai separatisti, ma nessuno può lasciare il pianeta per via della cosidetta "Maledizione di Drool", il cui fantasma impedisce a tutte le navi che vi approdano di lasciare il pianeta...
Episodio 19 - Tempesta su Ryloth
Una flotta della Repubblica guidata da Anakin viene inviata su Ryloth per forzare il blocco separatista, tuttavia un errore di Ahsoka causa una sconfitta che costa molte perdite alla flotta. Nonostante questo Anakin è fermamente intenzionato a continuare l'attacco, perché a causa della rotazione planetaria non è possibile attendere l'arrivo di rinforzi e la flotta d'invasione di terra, guidata da Obi-Wan e Windu è in arrivo. Vinte le resistenze di Ashoka, afflitta per la perdita di un intero squadrone, Anakin prende da solo il controllo di un incrociatore danneggiato con l'intenzione di schiantarlo sulla nave madre del blocco, lasciando la distruzione delle piccole navi ad Ashoka. Nonostante l'inferiorità numerica, la giovane padawan con un ingegnoso stratagemma riesce a ribaltare la situazione aprendo la strada per la liberazione del pianeta...
Episodio 20 - Gli Innocenti
Lo sbarco delle truppe della Repubblica su Ryloth viene rallentato dalle batterie separatiste che si avvalgono della popolazione locale come scudo per i cannoni. Obi-Wan con una piccola squadra di cloni atterra poco distante con l'intenzione di distruggere l'artiglieria nemica. Nonostante le sue truppe vengano decimate da un attacco di bestie allevate dai droidi, Obi-Wan riesce comunque a guidare le truppe alla vittoria grazie alla guida di una bambina scampata alla cattura trovata fortuitamente da due cloni in esplorazione...
Episodio 21 - Quell'Ultimo Ponte
La liberazione del pianeta Ryloth è quasi completa, ma la capitale è ancora in mano ai separatisti. Non potendo conquistare una roccaforte a cui si può accedere solo grazie ad un ponte attivabile dalla città a causa delle poche forze disponibili, Mace Windu cerca l'appoggio dei ribelli locali. Nonostante l'iniziale diffidenza dovuta a contrasti politici, il capo dei ribelli acconsente ad aiutare lo Jedi. Grazie ai trasporti carichi di bottino, Mace Windu è in grado di introdursi nella capitale insieme a due cloni e a riattivare il ponte aprendo la strada all'esercito della Repubblica. All'ultimo minuto una squadriglia di caccia guidata da Anakin e Ahsoka porta a termine la liberazione del pianeta...
Episodio 22 - Ostaggi
Anakin e Padme riescono finalmente ad avere un momento di intimità, ma nel frattempo il cacciatore di taglie Cad Bane e il suo gruppo di tagliagole si infiltrano nell'ala est del palazzo del senato con lo scopo di prendere in ostaggio diversi senatori e scambiare la loro vita con la liberazione di Ziro the Hutt, prigioniero della repubblica. Anakin si ritrova senza la sua spada laser che aveva lasciato nelle mani di Padme, ora prigioniera di Bane e dei cacciatori di taglie suoi complici. Intanto il cancelliere Palpatine accontenta le richieste di cacciatori, i quali però non mantengono il patto e faranno saltare in aria l'ala est con tutti i senatori all'interno...
 Episodio 23 - Il Furto dell'Olocrone
Cad Bane, un cacciatore di taglie, è stato pagato dal Signore Oscuro dei Sith per impossessarsi di un Olocrone, un sistema di memoria ad ologrammi in cui è racchiusa una parte della sapienza degli Jedi. Cad Bane riesce a introdursi nel Tempio Jedi e a rubare un Olocrone, per poi dirigersi verso Bolla Ropal, il Jedi che possiede il cristallo di Kyber, contenente tutti i dati al riguardo dei bambini che saranno i futuri Jedi. I Generali Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker si trovano però sulle sue tracce...
Episodio 24 - Il Trasporto Maledetto
Mentre Cad Bane catturato il Maestro Ropal e riesce ad impadronirsi del cristallo di Kyber, i Cavalieri Jedi Skywalker e Kenobi hanno attaccato la flotta separatista orbitante sul pianeta; i due non riescono però a salvare Bolla Ropal dalla morte. Con un astuto piano, il cacciatore di taglie riesce intanto ad imprigionare Ahsoka e ad usarla come merce di scambio per farsi aprire l'Olocrone da Anakin. Intanto, Rex e gli altri cloni sono impegnati in uno scontro nell'hangar della nave: qui Cad Bane viene apparentemente eliminato...
Episodio 25 - I Figli della Forza
Fintosi un clone ferito, Cad Bane riesce a fuggire dalle grinfie di Anakin e i suoi proprio sotto il loro naso, quindi, per ordine di Lord Sithius, si mette alla ricerca di quattro bambini i cui nomi sono contenuti nell'olocrone rubato. I Jedi riescono però ad intercettarlo ed arrestarlo. Cad Bane, interrogato dai Jedi, rivela quindi la posizione dell'olocrone e dei bambini rapiti. Anakin Skywalker e Ahsoka si dirigono su Mustafar per salvare i piccoli, mentre Obi Wan e Mace Windu seguono il cacciatore di taglie fino al luogo dove ha nascosto l'olocrone...
Episodio 26 - Una Spia nel Senato
Il consiglio dei Jedi sospetta che uno dei senatori complotti con i separatisti e decide quindi di spiarlo a loro volta. La spia designata dal consiglio è la senatrice Padme, la quale in un primo momento si rifiuta, poi, spinta indirettamente da Anakin, accetta. La spia si rivela essere un suo ex amante, e Padme si vede costretta a ravvivare la loro passata relazione in favore della riuscita della missione...
Episodio 27 - Atterraggio a Point Rain
Obi-wan, Anakin e Ki-Adi Mundi ritornano su Geonosis per distruggere una fabbrica di droidi, comandata dal leader geonosiano Poggle il Minore, ma appena atterrano sul pianeta si trovano nel mezzo della battaglia. I tre maestri Jedi si dividono allora in diversi gruppi ed ognuno è costretto a combattere contro le acerrime armate dei separatisti...
Episodio 28 - La Fabbrica dei Droidi
La strada verso la fabbrica di droidi è libera e i due maestri Jedi Anakin Skywalker e Luminara Unduli danno vita ad un'offensiva in modo da distrarre le guardie e permettere così alle loro giovani padawan Ahsoka Tano e Barris Offee di infiltrarsi nel sottosuolo della fabbrica e farla esplodere. Mentre i maestri sono impegnati con alcuni super-carri armati le padawan riescono a far esplodere la fabbrica dei droidi e a salvarsi...
Episodio 29 - L'Eredità del Terrore
Su Geonosis Luminara viene catturato mentre sta cercando di rintracciare il leader separatista Poggle il Minore, e tocca ad Anakin, Obi-Wan e al Comandante Cody infiltrarsi in una colonia di zombie Geonosiani e ritrovarlo...
Episodio 30 - Invasori della Mente
Ahsoka e Barriss stanno per trasportare i rifornimenti essenziali necessari a Mace Windu verso la stazione medica vicino Ord Cestus, mentre Obi-Wan, Anakin e Luminara si preparano a consegnare Poggle il Minore a Coruscant per il processo. Tuttavia le menti delle truppe di cloni vengono infettate da un verme di controllo mentale opera dei Geonosiani, i quali stanno così cercando di uccidere tutti i maestri Jedi. Anche Barriss viene poi infettato dal verme di controllo mentale...
Episodio 31 - L'Intrigo di Grevious
Il Maestro Jedi Eeth Koth viene catturato dal Generale Grievous. Adi Gallia e Anakin Skywalker cercano di salvarlo, con Obi-Wan Kenoby che funge da esca per attirare Grievous e catturare il generale separatista...
Episodio 32 - Il Disertore
Dopo la fuga verso il pianeta Saleucami, il Generale Grievous cerca di trovare un'astronave per poter lasciare indenne il pianeta. Nel frattempo Obi-Wan, il Comandante Cody e Rex cercano di rintracciare Grievous prima che riesca a fuggire nuovamente. Rex viene però ferito da un cecchino del commando dei droidi mentre si trovava avanti in avanscoperta, ed incontra un clone disertore della Repubblica rifugiatosi in una fattoria...
Episodio 33 - La Spada Laser Perduta
Durante la cattura di un criminale di poco conto, un ladro ruba la spada laser di Ahsoka. Rifiutandosi di confessare la perdita al suo maestro, la Padawan si affida all'anziano Tera Sinube. Grazie all'esperienza del vecchio Maestro Jedi nell'arte dell'investigazione, la coppia risale ad un duo di criminali che hanno acquistato l'arma, ma subito le delinquenti si danno alla fuga. L'abilità e la pazienza del maestro Sinube, permettono però ad Ahsoka di rintracciare e catturare le malviventi...
Episodio 34 - Il Piano Mandalore
Il Consiglio dei Sistemi Neutrali, rappresenta oltre 1500 Mondi, che vogliono tenersi al di fuori della guerra; ma al Senato della Repubblica sono giunte indiscrezioni secondo cui il nuovo leader del Consiglio, la Duchessa Satine di Mandalore, sta segretamente preparando il proprio esercito per combattere al fianco dei separatisti. Il Maestro Jedi Obi-Wan Kenobi è stato inviato su Mandalore per scoprire quale verità si nasconda dietro queste voci...
Episodio 35 - L'Onda del Passato
Inviato a indagare sulle voci che danno il pianeta Mandalore prossimo ad unirsi ai separatisti, Obi-Wan Kenobi ha l'occasione di rivedere una vecchia conoscenza: la Duchessa Satine. Mentre Satine afferma che l'intenzione di Mandalore è di restare neutrale durante la guerra, un attacco alla capitale porta Obi-Wan alla scoperta di un'organizzazione terroristica nota come Ronda della Morte. Mentre la Duchessa vola al Senato per rigettare le accuse di un suo coinvolgimento nella guerra, i maestri Jedi si preparano a difenderla contro i suoi nemici...
Episodio 36 - La Duchessa di Mandalore
Quando il dissenso generale minaccia di sconvolgere la serenità e la perdurante pace del sistema di Mandalore, la Duchessa Satine lotta per proteggere il suo popolo contro quest'escalation di violenza. Tradita da due dei suoi fidati alleati, Satine viaggia fino al pianeta Coruscant, dove spera di convincere il Senato che il gruppo scissionista distruttivo denominato "Death Watch", non rappresenta l'intera fazione del governo Mandaloriano...
Episodio 37 - La Guerra del Senato
Mentre le battaglie vengono combattute dai cloni sul campo, una guerra diversa è condotta nel Senato Galattico. Un gruppo di senatori guidato da Halle burtoni di Kamino propone un'escalation nella produzione di truppe. La Senatrice Padmé Amidala, riconoscendo che più truppe potranno solo prolungare i combattimenti, lavora instancabilmente con i suoi alleati per introdurre un disegno di legge per ridurre le spese militari e smettere la creazione di nuovi cloni. Quando il senatore Onaconda Farr viene poi trovato morto in circostanze sospette, Padmé è decisa a trovare la persona responsabile della morte del suo "zio" favorito...
Episodio 38 - Gatto e Topo
Questo episodio è ambientato prima di Star Wars: The Clone Wars - Il film. Le navi dei separatisti bloccano Christophsis un pianeta ricco di risorse, intrappolando Il senatore Bail Organa e fiaccando la sua resistenza. Nel disperato tentativo di aiutare lo stimato senatore, una task force della Repubblica sotto il comando del Cavaliere Jedi Anakin Skywalker cerca una via per forzare il blocco; tuttavia il tempo è agli sgoccioli per il senatore e i bravi cittadini di Christophsis. Obi-Wan ed Anakin si scontrano poi con l'Ammiraglio Trench, un perfido comandante separatista...
Episodio 39 - Sette Contro Tutti
Quando le battaglie si intensificano minacciando un numero sempre crescente di mondi alleati della Repubblica, i pianeti devono iniziare a badare autonomamente alla propria sopravvivenza. Mentre i Maestri Jedi combattono una guerra su molti fronti, una serie di stazioni mediche sono state stabilite come ancora di salvezza per coloro che necessitano di assistenza immediata, ma le strutture sono facile preda degli attacchi perpetrati dai separatisti. Dopo aver perso il contatto con la stazione medica orbitante chiamata Felucia, Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker e Ahsoka Tano vengono inviati ad indagare e decidono di dare una mano a quattro cacciatori di taglie nel proteggere gli agricoltori locali da un gruppo di pirati intenti a rubare il loro prezioso raccolto...
Episodio 40 - Lo Zillo Beast
La Repubblica mette a punto una bomba che distrugge tutti i droidi, risvegliando però un antico mostro che si credeva fosse ormai estinto, lo Zillo Beast. Gli abitanti del pianeta decidono di ucciderlo, ma falliscono, mentre Anakin e Mace Windu riescono a portarlo a Coruscant ancora vivo, eseguendo gli ordini del consigliere Palpatine, in modo che possa essere studiato...
Episodio 41 - Lo Zillo Beast Colpisce Ancora
Il cancelliere Palpatine desidera che lo Zillo Beast venga eliminato, affinché sia possibile studiare la sua corazza ed usarla per l'esercito. La bestia però sfugge al controllo ed invade il pianeta, mettendo a rischio le vite di Palpatine, Anakin, Mace Windu e Padmé, che, per essere salvati, devono acconsentire all'avvelenamento dello Zillo Beast, il cui corpo verrà fatto clonare...
Episodio 42 - Trappola Mortale
Il figlio del cacciatole di taglie Jango Fett, Boba, riesce ad infiltrarsi su un incrociatore della Repubblica per placare la sua sete di vendetta ed assassinare l'uccisore di suo padre: Mace Windu. Il tentativo di assassinio non si compie e Boba è costretto a sabotare la nave per fuggire. Lanciandosi con un guscio di salvataggio assieme ad altri cadetti, Boba viene salvato dal cacciatore di taglie Aurra Sing, il quale abbandona alla deriva il guscio assieme ai cadetti, che verranno poi recuperati da Anakin e da Mace Windu...
Episodio 43 - R2 Torna a Casa
L'incrociatore della Repubblica sabotato dal cacciatore di taglie Aurra Sing, compie un atterraggio d'emergenza su un pianeta sconosciuto. Anakin e Mace Windu decidono di scendere a controllare se alcuni soldati sono sopravvissuti all'impatto e si imbattono in un'altra trappola ideata da Boba Fett. Mace ed Anakin vengono quindi sotterrati dalle macerie; la loro sola speranza di salvezza è riposta adesso in R2 che, con la sua astuzia, riesce a mettere in fuga i cacciatori di taglie e a chiamare i rinforzi. Ma Aurra Sing e gli altri sono comunque riusciti a fare dei prigionieri...
Episodio 44 - Traccia Letale
Aurra Sing e Boba Fett si rifugiano in un avamposto del pirata Hondo Ohnaka, il quale rifiuta di aiutare i cacciatori di taglie. Intanto su Coruscant le ricerche per trovare Aurra Sing continuano nei quartieri più malfamati della città; il maestro Plo Koon e Ahsoka riescono infine ad individuare il luogo dell'avamposto inviando immediatamente le truppe. Boba Fett viene catturato, ma Aurra Sing riesce a fuggire tradendo così la fiducia che il giovane gli aveva riposto...  Episodio 45 - Cadetti
Questo episodio è ambientato ai tempi dell'addestramento della squadra Domino, protagonista dell'episodio Reclute della prima stagione. Su Kamino si sta svolgendo l'addestramento dei cadetti da parte di due mercenari assoldati dalla Repubblica, sotto la supervisione della Maestra Jedi Shaak Ti. La squadra Domino fallisce l'ultimo allenamento perchè i membri della squadra agiscono troppo individualmente. Bric, uno dei due mercenari, è convinto che la squadra non sia pronta per la promozione e che i cloni debbano essere assegnati alla manutenzione; l'intervento di El-Les, l'altro cacciatore di taglie, permette però alla squadra Domino di ripetere il test e riuscire stavolta a superare la prova, nonostante Bric abbia tolto dalle loro cinture i rampini necessari per la scalata...
Episodio 46 - Truppe Speciali
Dopo l'assalto alla luna di Rishi, la CSI è pronta ad assaltare Kamino per impadronirsi del DNA dei cloni. La Repubblica intercetta le comunicazioni dei separatisti ed è a conoscenza del piano, così i soldati tornano sul loro pianeta natìo per difendere la propria casa insieme a Obi-Wan ed Anakin. L'assalto spaziale è tenuto dal Generale Grievous, mentre Asajj Ventress si trova già nelle profondità marine, in attesa dei rinforzi. Quando lo scontro spaziale inizia, il Generale Grievous nasconde nei rottami che si staccano dalle navi colpite dei componenti che, una volta precipitati sul pianeta, vengono utilizzati dai droidi anfibi di Ventress per assemblare nuovi mezzi d'assalto simili a piovre...
Episodio 47 - Linee di Riferimento
Questo episodio è ambientato all'inizio della prima stagione, anticipando gli eventi della battaglia di Ryloth. Il pianeta Ryloth è sotto il blocco separatista, le forze Repubblicane sono circondate e senza rifornimenti, il Maestro Jedi Ima-Gun Di richiede rinforzi alla Repubblica, ma anche la flotta orbitante intorno al pianeta viene distrutta. Il Consiglio dei Jedi incarica così il senatore Organa di raggiungere Jar Jar Binks su Toydaria, per trattare con il re Katuunko l'utilizzo del pianeta come stazione di rifornimento di viveri e medicinali per la popolazione. La Federazione teme che la presa di posizione di Toydaria in favore della Repubblica possa esporre le proprie navi ad attacchi Separatisti e per questo chiede che venga mantenuta la neutralità. Katuunko decide di rimanere neutrale, anche se in segreto permette ad Organa di mandare le navi già atterrate di portare i rifornimenti su Ryloth...
Episodio 48 - Sfera d'Influenza
Questo episodio è ambientato dopo Guerra e Pace episodio della prima stagione. Il pianeta Pantora è sotto il blocco della Federazione dei Mercanti, con l'intento di convincere il presidente ad unirsi alla causa Separatista. La Repubblica promette aiuti, ma la Federazione fa rapire le figlie del presidente per aumentare la pressione sul governo Pantoriano. Ahsoka e Riyo Chuchi, senatrice di Pantora, si dirigono sulla nave comando della Federazione per un colloquio volto a stemperare la tensione, mentre sono alla ricerca delle ragazze rapite; Greedo, che si scopre poi essere autore del rapimento...
Episodio 49 - Corruzione
Questo episodio è situato dopo gli eventi di La Duchessa di Mandalore della seconda stagione. Quando sul pianeta Mandalore dei contrabbandieri iniettano del veleno, lo Slabin, nel tè che bevono i bambini nelle scuole, la duchessa Satine sospetta che molti mandaloriani siano stati corrotti. Padmè Amidala indaga per catturare i contrabbandieri, ma anche il primo ministro Almec è coinvolto...
Episodio 50 - L'Accademia
Alla giovane Padawan Ahsoka Tano viene assegnato il compito di insegnare nell'Accademia di leadership sul pianeta Mandalore. Korkie, lo zelante nipote della Duchessa Satine, ed i suoi compagni scoprono però un nefasto complotto: il Primo Ministro Almec si rivela essere una parte attiva della cospirazione che ha istituito il mercato nero su Mandalore. Questi tenta di ridurre al silenzio la Duchessa Satine e i cadetti prima che la sua corruzione diventi di dominio pubblico...
Episodio 51 - Assassinio
Incaricata di proteggere la senatrice Padmé Amidala nel corso di una missione politica su Alderaan, la padawan Ahsoka Tano è tormentata da visioni ricorrenti della cacciatrice di taglie Aurra Sing (che crede morta in Traccia Letale, ultimo episodio della seconda stagione). Incapace di svuotare la sua mente, Ahsoka è molto preoccupata per le sue visioni che, effettivamente, si rivelano profetiche. Padmé riesce ad evitare la morte quando Aurra Sing riappare e tenta di assassinarla. Insieme ad Ahsoka, Padmé tende però una trappola alla cacciatrice. Grazie all'aumentata consapevolezza delle sue visioni, la giovane padawan scopre infine la mente malvagia dietro al complotto per uccidere Padmé: è Ziro the Hutt...
Episodio 52 - Piani Diabolici
Questo episodio è ambientato dopo Ostaggi, episodio della prima stagione. Sul pianeta Coruscant C3-PO e R2-D2 sono stati rapiti dal cacciatore di taglie Cad Bane, il quale è alla ricerca di informazioni sul palazzo del Senato per conto di Jabba the Hutt. Il piano della famiglia Hutt è quello di liberare il loro fratello rinchiuso in carcere, Ziro the Hutt, che ha delle informazioni che potrebbero danneggiare gli Hutt se venissero divulgate...
Episodio 53 - Caccia a Ziro
Dopo che Cad Bane ha liberato Ziro The Hutt (nell'episodio Ostaggi della prima stagione) il consiglio dei Jedi assegna la missione di ritrovare il fuggitivo al cavaliere Jedi Quinlan Vos, che è accompagnato da Obi Wan Kenobi. Nel frattempo, Ziro viene messo in gabbia dalle famiglie degli Hutt e i due Jedi scoprono anche che è riuscito a fuggire con l'aiuto di Sy Snootles. Tutti gli inseguitori, compreso Cad Bane, rintracciano la madre di Ziro, che gli indica Teth come luogo della fuga; una volta arrivati alla tomba del padre, la ragazza di Ziro si rivela però essere una cacciatrice di taglie che lo elimina restituendo il suo diario a Jabba...
Episodio 54 - Eroi su Entrambi i Lati
Il senato discute un disegno di legge che eliminerebbe il controllo del governo sulle attività del clan bancario al fine di finanziare la guerra: i vari senatori come Halle Burtoni di Kamino sono per il sì, mentre Padmè Amidala è favorevole al no. Padmè decide poi di recarsi su Raxus accompagnata da Ahsoka per incontrare una sua cara amica, Mina Bonteri, e convincerla a chiedere la pace al congresso separatista. Nel frattempo il conte Dooku cospira con il clan bancario affinchè la legge passi, e ordina a Grievous un attacco alla rete centrale di distribuzione di energia su Coruscant. Questo attacco getta nel panico il senato, che decide di rifiutare la richiesta di pace e vota per la deregolamentazione del clan bancario...
Episodio 55 - Raggiugere la Pace
A seguito dell'attacco a Coruscant, il Senato discute il disegno di legge sulla produzione di nuovi cloni. Durante la seduta il Conte Dooku informa che i separatisti, dopo la morte di Mina Bonteri, ritirano la loro richiesta di pace. Padmé, Organa e gli altri senatori contro il provvedimento ricevono quindi delle intimidazioni da parte di mercenari assunti da Dooku. Padmé chiede ad Organa di parlare al senato, ma poiché quest'ultimo subisce un attacco, è lei stessa ad esporre le conseguenze della guerra sui civili e il suo discorso riscuote successo...
Episodio 56 - Le Sorelle della Notte
Vista la crescente abilità di Asajj Ventress con il lato oscuro della forza, Darth Sidious ordina a Dooku di eliminarla ma Ventress sopravvive al tentativo di assassinio. Dopo essersi risvegliata nello spazio, si reca su Dathomir il suo pianeta natale, dove vivono le sorelle oscure che decidono di aiutarla a vendicarsi di Dooku grazie ad una pozione per l'invisibilità e a delle spade laser. Ventress fallisce, ma l'attacco viene creduto opera dei Jedi e Dooku richiede così l'ausilio di un nuovo apprendista a Madre Talzin, il leader delle sorelle oscure...
Episodio 57 - Mostro
Dopo essere stato attaccato, il Conte Dooku arriva su Dathomir per chiedere a madre Talzin un nuovo allievo: lo donna gli dice che lì troverà un guerriero della razza di Darth Maul. Ventress viene quindi mandata al villaggio per scegliere il nuovo guerriero. Dopo una serie di prove, Ventress riesce a sconfiggere tutti i candidati, ma rimane colpita da Savage Opress che viene scelto come allievo. Dopo essere stato portato da madre Talzin, Savage è sottoposto ad un rito per incrementarne la forza e renderlo succube delle sorelle oscure, dopodiché viene costretto ad uccidere il fratello come prova decisiva della sua lealtà. Dooku lo invia poi su Devaron per prendere possesso del tempio Jedi: qui Savage fa piazza pulita di tutti i Cloni ed elimina il Maestro Jedi Halsey e il suo allievo Knox. Tornato su Serenno, Dooku decide di addestrare Savage nell'arte del Lato Oscuro della Forza...
Episodio 58 - Le Streghe della Nebbia
Dopo l'attacco al tempio Jedi, Anakin ed Obi-Wan vengono inviati su Dathomir per indagare sull'accaduto, scoprendo che Savage si trova su Toydaria; quest'ultimo riesce a sfuggire ai due, che lo seguono però fino alla nave del Conte Dooku. Nel frattempo anche Ventress arriva sull'astronave per avere finalmente la sua vendetta su Dooku. Dopo essere stato colpito dai fulmini del Conte, Savage impazzisce e si scaglia contro entrambi per poi scappare su Dathomir dove madre Talzin gli ordina di andare nell'orlo esterno dove incontrerà un fratello in esilio che saprà addestrarlo...
Episodio 59 - Signori Supremi
Dopo aver ricevuto una richiesta d'aiuto dal cuore del sistema Chrelythiumn contenente un codice di soccorso Jedi inutilizzato da duemila anni, Anakin, Obi-Wan ed Ahsoka vengono inviati ad indagare. Arrivati sul posto i tre vengono attirati su un pianeta che rappresenta la forza, Mortis, dove incontrano la figlia, la quale chiede ad Anakin di seguirla. Durante il viaggio, i Jedi vengono attaccati dal figlio che riesce a separarli. Anakin si reca su una torre dove incontra il padre: questi rivela che lui è il prescelto per equilibrare i due lati della forza e, per dimostrarlo, gli chiede di domare entrambi i suoi figli...
Episodio 60 - L'Altare di Mortis
Mentre sono in viaggio per lasciare il pianeta Mortis, Ahsoka viene rapita dal figlio così Anakin ed Obi-Wan sono costretti a tornare indietro per salvarla. Anakin va alla ricerca della sua padawan, mentre Obi-Wan si reca al palazzo del padre, dove il figlio sta cercando di ucciderlo. Dopo aver salvato il padre, Obi-Wan viene accompagnato dalla figlia all'altare dov'è custodita la spada in grado di controllare il fratello. Ahsoka intanto viene condizionata mentalmente dal figlio a combattere contro Anakin. Obi-Wan prende la spada ed assieme alla figlia si recano sul luogo della battaglia dove Ahsoka riesce a prendere la spada e la consegna al figlio che la uccide. Quando il figlio sta per pugnalare a morte anche il padre, la figlia si frappone tra loro e con un sacrificio estremo restituisce la vita ad Ahsoka...
Episodio 61 - I Fantasmi di Mortis
Anakin si reca dal padre per avere la sua benedizione, dopodiché guidato dalla forza si reca al pozzo del lato oscuro dove incontra il figlio. Per convincere lo Jedi ad unirsi a lui, questi gli mostra il suo futuro così Anakin ha una visione sul terribile dolore che causerà, ed accetta. Il padre per ripristinare l'equilibrio, fa dimenticare ad Anakin ciò che ha visto, dopodiché s'infilza con la spada davanti agli occhi increduli del figlio. Dopo la morte del padre, il pianeta Mortis si distrugge ed Anakin, Obi-Wan e Ahsoka si risvegliano al punto d'incontro con l'incrociatore Jedi: tutto fa pensare che l'intera vicenda sia stato solo un incubo...
Episodio 62 - La Cittadella
Di ritorno da una missione sull'orlo esterno, l'incrociatore dello Jedi Even Piell è stato attaccato e catturato, così Obi-Wan, Anakin ed Ahsoka vengono inviati alla Cittadella, la prigione separatista in cui è detenuto. Una volta salvato Piell, i tre scoprono che le informazioni che ha raccolto sono state divise in due e una parte sono in possesso del capitano Tarkin ancora prigioniero. Le due squadre si dividono: Obi-Wan e Piell creano un diversivo mentre Anakin e Ahsoka dopo aver liberato Tarkin provano a recuperare un mezzo di trasporto...
Episodio 63 - Contrattacco
Il Conte Dooku, preoccupato per la fuga dei Jedi, comanda a Sobek di catturarli, prendere le informazioni in loro possesso e poi ucciderli tutti. Mentre Anakin ed Ahsoka cercano di trovarsi al punto assegnato, Obi-Wan e Piell vengono fatti prigionieri. R2 e gli altri droidi riescono però a liberarli e a raggiungere la pista d'atterraggio dove arrivano anche Anakin e la sua squadra; purtroppo lo shuttle viene fatto esplodere lasciandoli senza vie di fuga...
Episodio 64 - Salvataggio nella Cittadella
Dopo la distruzione della loro nave, Anakin e gli altri contattano il consiglio che li informa dell'arrivo imminente di Plo Koon. Osi Sobeck, dopo essere stato contattato da un furibondo Dooku, decide intanto di liberare gli Anooba per rintracciare i nemici. Durante la battaglia Piell viene colpito, ma prima di morire rivela le informazioni segrete ad Ahsoka; Sobek decide allora di occuparsi personalmente della situazione. Arrivati al punto di ritrovo, i Jedi vengono attaccati da Sobeck, Osi cerca di uccidere Tarkin ma viene a sua volta eliminato da Ahsoka. Dopodiché i Jedi vengono tratti in salvo...
Episodio 65 - La Padawan Scomparsa
Anakin, Ahsoka e Plo stanno combattendo una battaglia su Felucia, mentre Grievous dopo la notizia dell'attacco invia rinforzi. I tre Jedi si dividono per attaccare in tre punti diversi, ma Ahsoka viene catturata dai Trandoshani, che usano gli apprendisti Jedi come prede da caccia. La missione su Felucia finisce e Anakin e Plo tornano su Coruscant. Ahsoka intanto convince gli altri apprendisti ad andare al contrattacco ma durante la battaglia Kalifa muore...
Episodio 66 - Lottare per Sopravvivere
Ahsoka convince gli altri apprendisti ad attaccare la nave che rilascia prigionieri, la nave esplode e l'unico superstite è Chewbecca, un alieno alto più di due metri appartenente alla razza degli Wookiee (co-pilota della nave di Ian Solo, il Millennium Falcon, nella trilogia cinematografica originale di Star Wars). Chewbecca convince gli Jedi di poter inviare un segnale al suo pianeta natale costruendo una trasmittente con i rottami della nave. I quattro vengono però attaccati da un Transoshano che fanno prigioniero, dopodiché rubano uno speeder e si recano al quartier generale dove vengono tratti in salvo dagli Wookie...
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